수도권과밀억제권역(서울) 밖에서 창업한 중소기업이 세액감면을 적용받아 법인세를 신고·납부했지만, 과세관청이 “서울에 지점 또는 사업장을 설치했다”는 이유로 감면을 부인해 거액의 법인세를 다시 부과한 사건에서 항소심 법원이 과세처분을 취소했다.

대구고등법원 제1행정부(재판장 곽병수 부장판사)는 법인세등부과처분취소 사건에서, 서울 사무소가 ‘사실상 본점 역할을 하는 지점·사업장’에 해당한다고 보기 어렵다고 판단했다. 이에 따라 수성세무서장이 내린 2019사업연도 법인세 3,606,489,070원(가산세 포함) 경정·고지 처분을 취소했다.(2025. 11. 28 선고_2025누10140)

“지점·사업장 설치”…그냥 사무실이면 다 해당하나?

사건의 핵심은 조세특례제한법상 ‘창업중소기업 세액감면’ 제도와, 시행령이 정한 ‘감면 배제’ 요건의 해석이었다.

원고는 대구에 본점을 두고 설립된 중소기업으로, 2019사업연도 법인세 신고 때 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)에 따라 법인세 50% 감면을 적용했다.

그러나 과세관청은 원고가 2019년 10월 30일 서울 강남구에 사무소를 임차한 점을 들어, 시행령(구 조특법 시행령 제5조 제24항 제2호)의 “수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치한 경우”에 해당한다며 감면세액을 전부 부인했고, 2021년 5월 6일 거액의 법인세를 다시 부과했다.

1심은 과세관청 손을 들어줬지만, 항소심은 결론을 뒤집었다.

재판부는 해당 시행령 조항이 지방 창업기업 지원을 통한 수도권 집중 억제·균형발전 촉진이라는 입법 취지에 비춰, 편법적 감면을 막기 위한 규정이라고 전제했다. 그러면서 ‘수도권에 지점 또는 사업장을 설치’했다는 사유는 모든 형태의 사무공간 설치를 의미하는 것이 아니라, “사실상 본점 역할을 하는 지점·사업장”으로 한정해 해석하는 것이 타당하다고 봤다.

즉, 지방에 본점을 두고도 실질적으로는 서울에서 경영·총괄 기능을 수행하며 ‘우회 이전’하는 경우를 막자는 취지이지, 정상적인 사업 확장까지 감면을 일괄 박탈하는 근거로 삼기 어렵다는 취지다.

“2019년에 서울 사무소가 본점급 역할 했다고 보기 부족”

재판부는 특히 2019사업연도 당시 서울 사무소의 실질을 따져봤다.

판결문에 따르면, 과세관청이 현장 확인을 한 시점은 2020년 7월 15일로, 문제 된 과세연도(2019년) 이후 7개월 이상 지난 뒤였다. 재판부는 이를 근거로 2019년 당시 운영 실태를 확정하기 어렵다고 봤다.

또 원고는 서울 사무소를 전시장 용도로 임차했고, 2019년 말까지 인테리어 공사가 진행되는 등 “그 시점에 본점 역할을 수행했다고 보기 어렵다”는 점이 받아들여졌다. 2019년 실제 서울 사무소에 출근한 인원이 제한적이었던 점, 당시 수행 업무가 공사 관리·시장조사·제품 테스트 중심이었다는 점도 함께 고려됐다.

결국 재판부는 “과세관청 제출 자료만으로는 2019년 서울 사무소가 본점에 준하는 총괄적 지휘 기능을 수행했다고 인정하기 부족하다”며 처분사유가 존재하지 않는다고 판단, 과세처분을 취소했다.

이번 판결은 지방에서 창업한 기업이 사업상 필요로 수도권에 영업·전시·연락 거점을 마련했을 때, 그 자체만으로 창업세액감면이 박탈될 수 있는지에 대해 ‘본점급 기능’이라는 엄격한 기준을 제시했다는 점에서 주목된다.

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