▲ 서울행정법원 자료사진 (사진= 법률닷컴)

서울행정법원이 기존 건물을 철거하고 지식산업센터를 신축할 목적으로 부동산을 취득한 경우, 해당 건물 매입과 관련한 부가가치세 매입세액은 공제 대상이 아니라고 판단했다. 또한 실제 분양대행 용역 없이 자금 이동을 위한 외관만 만든 세금계산서는 ‘가공세금계산서’에 해당해 매입세액 공제를 받을 수 없다고 봤다.

서울행정법원 제4부는 주식회사 A가 금천세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 취소 소송(2024구합71077)에서 원고의 청구를 모두 기각했다고 밝혔다.

판결에 따르면 A사는 2018년 서울 금천구 소재 공장용지와 지상 건물을 약 2300억 원에 매수한 뒤, 해당 부지에 지식산업센터를 신축하는 개발사업을 추진했다. 이후 건물 매매에 대한 부가가치세 27억여 원과 관련 수수료를 매입세액으로 공제해 신고했다.

하지만 세무당국은 A사가 부동산 취득 당시부터 기존 건물을 철거하고 지식산업센터를 신축할 계획이 있었던 만큼, 해당 건물 취득 관련 매입세액은 토지 조성을 위한 자본적 지출에 해당한다고 판단했다. 이에 따라 2018년도 1기분 부가가치세 약 39억7200만 원을 경정·고지했다.

재판부도 같은 판단을 내렸다.

재판부는 “원고는 매매계약 체결 이전부터 관계회사와 함께 개발사업을 추진하기 위한 컨소시엄을 구성했고, 매매계약 직후 곧바로 사업협약과 설계용역 계약을 체결했다”며 “이미 기존 건물 철거와 지식산업센터 신축을 전제로 사업을 추진한 것으로 보는 것이 타당하다”고 밝혔다.

또한 기존 건물 임대 역시 적극적인 임대사업이 아니라 일시적 조치에 불과하다고 봤다.

법원은 “새로운 임차인을 받지 않고 공실 상태를 유지했으며, 인허가 절차 역시 일관되게 철거 및 신축을 전제로 진행됐다”며 “건물 취득 관련 매입세액은 부가가치세법상 공제 제외 대상”이라고 판시했다.

아울러 법원은 분양대행수수료 명목으로 발급된 104억여 원 규모의 세금계산서 역시 실제 용역 제공 없이 작성된 허위 세금계산서라고 판단했다.

A사는 개발사업 과정에서 특정 업체로부터 분양대행수수료 명목의 세금계산서를 수취하고 약 10억 원의 부가가치세를 매입세액으로 공제했지만, 세무당국은 이를 가공거래로 보고 2020년도 2기분 부가가치세 약 18억4400만 원을 추가 부과했다.

재판부는 해당 상업시설은 당초부터 펀드에 일괄매각할 계획이었고 별도의 분양대행 용역이 필요하지 않았다고 지적했다.

특히 분양대행수수료가 지급된 직후 동일 자금이 곧바로 계열사 계좌로 이동해 다시 계약금 명목으로 신탁계좌에 입금된 점을 들어 “실질적인 용역 제공보다는 자금 이동을 위한 외관 형성 목적의 가장거래로 볼 상당한 이유가 있다”고 판단했다.

재판부는 “실제 분양대행 업무 수행을 입증할 객관적 자료나 인적·물적 설비도 확인되지 않았다”며 가공세금계산서에 해당한다고 결론 내렸다.

결국 법원은 세무서의 부가가치세 부과처분이 모두 적법하다고 보고 원고의 청구를 전부 기각했다.

이번 판결은 부동산 개발사업에서 형식상 임대 운영이나 용역계약이 존재하더라도, 실질적으로 철거와 신축이 예정돼 있거나 실제 용역 제공이 없다면 매입세액 공제를 인정받기 어렵다는 점을 다시 확인한 사례로 평가된다.

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